การ Shared Cookie ข้าม Web Applicaiton นั้นมีขั้นตอนดังนี้
1. แก้ไข Web.config โดยเพิ่ม <machinekey validationKey="xxx" descriptionKey="xxx" validation="xxx"> ให้เหมือนกัน
2. แก้ไข Web.config โดยกำหนดค่า <form name="xxx" path="/" protection="xx" /> ให้เหมือนกัน

Ref.
Technet : http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/WindowsServer2003/Library/IIS/3b69057f-39a7-4d0b-9315-ccc66a0c6676.mspx?mfr=true

MSDN : http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/w8h3skw9.aspx